Los expedientes de queja son aquellos en los que se determinó la presunta violación de derechos humanos, con lo cual se da inicio a una fase de investigación a cargo de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos.
Cuando se admite la queja por calificarse como presunta violación a derechos humanos, la CNDH mantendrá contacto permanente con la persona interesada para informar los avances generales del expediente de su queja.
La investigación de una queja tiene como propósito reunir las evidencias que permitan conocer si se cometió o no una violación a los derechos humanos, identificar a la autoridad o persona servidora pública responsable y concretar la normatividad transgredida, para lo cual la CNDH tendrá que allegarse la información necesaria, requiriendo informes, realizando visitas e inspecciones, solicitando testimonios, realizando gestiones, recabando documentos y en su caso auxiliándose de peritajes, para lo cual se le faculta con los siguientes medios (artículo 39 de la Ley de la CNDH): I. Pedir a las autoridades o servidores públicos, a los que se imputen violaciones de derechos humanos, la presentación de informes; II. Solicitar de otras autoridades, servidores públicos o particulares todo género de documentos e informes; III. Practicar visitas e inspecciones, ya sea personalmente o por medio del personal técnico o profesional bajo su dirección en términos de ley; IV. Citar a las personas que deban comparecer como peritos o testigos; y V. Efectuar todas las demás acciones que conforme a derecho juzgue convenientes para el mejor conocimiento del asunto.
Una vez agotada la investigación se concluye el expediente de queja, por alguna de las siguientes causas: a) Por no competencia para conocer de la queja planteada; b) Por no tratarse de violaciones a los derechos humanos, en cuyo caso se dará orientación jurídica a las y los quejosos; c) Por haberse dictado la recomendación correspondiente: d) Por haberse emitido un documento de no responsabilidad; e) Por desistimiento de la quejosa o el quejoso; f) Por falta de interés del quejoso para continuar el procedimiento; g) Por acuerdo de acumulación de expedientes; h) Por no existir materia para seguir conociendo del expediente de queja; e i) Por haberse solucionado la queja mediante los procedimientos de conciliación o durante el trámite respectivo.