Entre las atribuciones que la CNDH tiene para proteger y defender los derechos humanos, destaca la de emitir recomendaciones a las autoridades determinadas como responsables de violaciones a los derechos humanos. Al respecto, en el artículo 6°, fracción III, de la Ley de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, se le faculta para formular recomendaciones públicas no vinculatorias ante las autoridades respectivas, en los términos establecidos por el artículo 102, apartado B, de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos.
Cabe mencionar que éstas constituyen la más severa expresión de la labor de esta Comisión Nacional en la lucha contra la impunidad y la defensa de los derechos humanos en nuestro país y tienen como características principales ser públicas y no vinculatorias. No obstante, derivado de la reforma constitucional de junio de 2011, la CNDH cuenta con la facultad de solicitar al Congreso la comparecencia de aquellos titulares de las autoridades responsables que se nieguen a aceptar o cumplir con las recomendaciones que emita este Organismo Nacional. Lo anterior, otorga mayor fuerza para que se creen los mecanismos que permitan una eficiente lucha contra la impunidad y por el respeto de los derechos humanos en el territorio nacional.